home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00248 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  3.4 KB  |  61 lines
  1. *******************************************************************
  2. * Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature *
  3. *******************************************************************
  4.  
  5. A number of bacterial and plant toxins act by  inhibiting protein synthesis in
  6. eukaryotic cells.  The toxins  of  the Shiga  and ricin  family inactivate 60S
  7. ribosomal  subunits  by an N-glycosidic  cleavage  which  releases a  specific
  8. adenine base from the sugar-phosphate backbone of 28S rRNA [1,2,3]. The toxins
  9. which are known to function in this manner are:
  10.  
  11.  - Shiga toxin from Shigella dysenteriae [4].  This toxin is  composed  of one
  12.    copy of  an  enzymatically  active A subunit and five copies of a B subunit
  13.    responsible  for  binding the    toxin complex to specific receptors on the
  14.    target cell surface.
  15.  - Shiga-like  toxins  (SLT)  are    a group  of Escherichia  coli toxins very
  16.    similar in  their  structure and properties to Shiga toxin. The sequence of
  17.    two types of these toxins, SLT-1 [5] and SLT-2 [6], is known.
  18.  - Ricin, a  potent toxin  from castor bean  seeds.   Ricin  consists  of  two
  19.    glycosylated  chains  linked   by   a  disulfide  bond.   The  A  chain  is
  20.    enzymatically active. The B chain is a lectin with a binding preference for
  21.    galactosides. Both chains  are  encoded by a single polypeptidic precursor.
  22.    Ricin is classified as a type-II ribosome-inactivating protein (RIP); other
  23.    members of this family  are agglutinin, also  from  castor  bean, and abrin
  24.    from the seeds of the bean Abrus precatorius [7].
  25.  - Single  chain  ribosome-inactivating   proteins (type-I RIP)  from  plants.
  26.    Examples of such proteins are:  barley  protein  synthesis inhibitors I and
  27.    II, mongolian  snake-gourd  trichosanthin,  sponge  gourd  luffin-A and -B,
  28.    garden four-o'clock MAP, common pokeberry PAP-S and soapwort saporin-6 [7].
  29.  
  30. All these toxins are  structurally related.  A conserved  glutamic residue has
  31. been implicated [8] in the catalytic mechanism; it is located near a conserved
  32. arginine which also plays a role in catalysis [9].  The signature we developed
  33. for these proteins includes these catalytic residues.
  34.  
  35. -Consensus pattern: [LIVMA]-x-[LIVMSTA](2)-x-E-[AGV]-[STAL]-R-[FY]-[RKNQS]-x-
  36.                     [LIVM]-[EQS]-x(2)-[LIVMF]
  37.                     [E and R are active site residues]
  38. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  39. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  40. -Last update: June 1994 / Text revised.
  41.  
  42. [ 1] Endo Y., Tsurugi K., Takeda Y., Ogasawara T., Igarashi K.
  43.      Eur. J. Biochem. 171:45-50(1988).
  44. [ 2] May M.J., Hartley M.R., Roberts L.M., Krieg P.A., Osborn R.W., Lord J.M.
  45.      EMBO J. 8:301-308(1989).
  46. [ 3] Funatsu G., Islam M.R., Minami Y., Sung-Sil K., Kimura M.
  47.      Biochimie 73:1157-1161(1991).
  48. [ 4] Strockbine N.A., Jackson M.P., Sung L.M., Holmes R.K., O'Brien A.D.
  49.      J. Bacteriol. 170:1116-1122(1988).
  50. [ 5] Calderwood S.B., Auclair F., Donohue-Rolfe A., Keusch G.T.,
  51.      Mekalanos J.J.
  52.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84:4364-4368(1987).
  53. [ 6] Jackson M.P., Neill R.J., O'Brien A.D., Holmes R.K., Newland J.W.
  54.      FEMS Microbiol. Lett. 44:109-114(1987).
  55. [ 7] Barbieri L., Battelli M.G., Stirpe F.
  56.      Biochim. Biophys. Acta 1154:237-282(1993).
  57. [ 8] Hovde C.J., Calderwood S.B., Mekalanos J.J., Collier R.J.
  58.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:2568-2572(1988).
  59. [ 9] Monzingo A.F., Collins E.J., Ernst S.R., Irvin J.D., Robertus J.D.
  60.      J. Mol. Biol. 233:705-715(1993).
  61.